Cột cờ Tổ quốc có vị trí gần với ngọn hải đăng cù lao Xanh. Cột cờ cao 22,66 m, trên đỉnh treo một lá cờ bằng vải có kích thước 4m x 6m, thân đế hình trụ vuông xây bằng đá granite. Phía sau cột cờ là hai phù điêu có logo Đoàn TNCS Hồ Chí Minh và Hội Sinh viên Việt Nam bằng chất liệu đá granite. Cột cờ được đặt tại vị trí hướng ra quần đảo Hoàng Sa, phía trên có ghi rõ chủ quyền, kinh độ, vĩ độ của cù lao Xanh.