Tháp Mỹ Khánh nằm ở độ sâu 5m so với mặt đất, lọt thỏm giữa vùng cát trắng ven biển, một vị trí rất hiếm đối với các tháp Chăm được phát hiện và còn tồn tại trên lãnh thổ Việt Nam. Theo đánh giá của các nhà chuyên môn thì đây là tháp có niên đại sớm nhất trong những tháp Chăm hiện nay. Tháp có kiến trúc hình chữ nhật, thu nhỏ dần phần thân tháp phía trên, được xếp nhóm tháp lùn trong nghệ thuật kiến trúc Chăm Pa.