Thánh Duyên cổ tự nằm cách trung tâm thành phố khoảng 50 km vè phía đông nan. Đây là một trong ba ngôi quốc tự ở đất kinh kỳ (hai ngôi chùa khác đó là Linh Mụ và Diệu Đế).
Hiện nay, ngôi chùa đã được công nhận là một di tích cấp quốc gia. Chùa mang vẻ thanh khiết, trong trẻo gần như tuyệt đối của một vùng trời, nước và đảo hoang sơ, ít dấu chân người. Chùa toạ lạc ở Tuý Vân sơn, cổng chùa quay về hướng Đông Nam. Túy Vân sơn còn có tên gọi khác là Mỹ Am sơn hay núi Mũi Am - mũi đất nằm gần phá Cầu Hai, nơi tiếp giáp với cửa biển Tư Hiền.
